特に変更の大きい wp-includes ディレクトリのファイルの移動について以下にまとめています。それぞれ WordPress Trac の Changeset にリンクしていますので経緯について知りたい場合はそちらを参照してください。

author-template.php

template-functions-author.php からファイル名変更 (3854)

bookmark.php

template-functions-bookmarks.php からブックマーク関連関数が分離独立 (3845)

bookmark-template.php

template-functions-bookmarks.php からファイル名変更 (3845)

category.php

functions.php, functions-post.php, template-functions-category.php からカテゴリー関連関数を抽出して分離独立 (3843)

category-template.php

template-functions-category.php からファイル名変更 (3843)

comment.php

comment-functions.php からファイル名変更 (3714)

comment-template.php

functions.php, comment-functions.php からコメント関連関数を抽出して分離独立 (3714)

compat.php

functions-compat.php からファイル名変更 (3862)

cron.php

新機能の cron (3634)

deprecated.php

廃止予定の関数を集約 (3589)

general-template.php

template-functions-general.php からファイル名変更 (3862)

feed.php

feed-functions.php からファイル名変更 (3862)

formatting.php

functions-formatting.php からファイル名変更 (3862)

l10n.php

wp-l10n.php からファイル名変更 (3870)

link-template.php

template-functions-links.php からファイル名変更 (3862)

pluggable.php

pluggable-functions.php からファイル名変更 (3862)

plugin.php

functions.php からプラグイン API が分離独立 (3893)

post.php

functions-post.php からファイル名変更 (3851)

post-template.php

template-functions-post.php からファイル名変更 (3851)

query.php

classes.php から WP_Query とそのラッパー関数が分離独立 (3639)

registration.php

registration-functions.php からファイル名変更 (3862)

rewrite.php

classes.php から WP_Rewrite が分離独立 (3638)

rss.php

rss-functions.php からファイル名変更 (3862)

script-loader.php

新機能のスクリプトローダー (3788)

theme.php

functions.php からテーマ関連関数が分離独立 (3711)

user.php

functions.php からユーザ関連関数が分離独立 (3854)