Πριν 180 εκατομμύρια χρόνια, στο Μεσοζωικό αιώνα, η Τηθύς θάλασσα χώρισε την ενιαία στεριά στα δύο. Στην Λαυρασία και στην Γκοντβάνα. Μετά μερικές δεκάδες εκατομμύρια χρόνια από την Λαυρασία δημιουργήθηκαν η Ευρώπη, η Ασία και η Β. Αμερική και από την Γκοντβάνα η Αφρική, η Νότια Αμερική και η Αυστραλία.
Πριν 65 εκατομμύρια χρόνια, με το τέλος του Μεσοζωικού αιώνα αρχίζει μεγάλη περίοδος τεκτονικών κινήσεων του στερεού φλοιού της γης σ’ όλο το χώρο της Τηθύος. Κατά την περίοδο αυτή και μέχρι πριν 15 εκατομμύρια χρόνια αναδύεται σχεδόν ολόκληρος ο Ελλαδικός χώρος από τη θάλασσα. Στο βάθος γίνεται μεταμόρφωση των πετρωμάτων των Κυκλάδων, που πολλά απ’ αυτά θα ανέβουν αργότερα στην επιφάνεια. Η μεταμόρφωση αυτή οφείλεται στο μάγμα που ανεβαίνει προς τα πάνω και συναντά τα ιζηματογενή πετρώματα που σχηματίστηκαν επί αιώνες στη θάλασσα. Αυτή την εποχή αρχίζει ο σχηματισμός των σπηλαίων της Αντιπάρου και των Δαιμόνων της Πάρου και των άλλων Κυκλάδων, που διαρκεί δεκάδες εκατομμύρια χρόνια.
Πριν 20 εκατομμύρια χρόνια στο χώρο του Αιγαίου υπήρχε μια ενιαία ξηρά η Αιγηίδα. Την περίοδο αυτή λειτουργούν ηφαίστεια στη Λέσβο, Χίο, Σάμο, Πάτμο και Κω.
Στις αρχές της Τεταρτογενούς περιόδου του Καινοζωικού αιώνα, πριν 2 εκατομμύρια χρόνια, ο Ελλαδικός χώρος πήρε τη σημερινή του μορφή. Είναι η περίοδος της μεγάλης εξάπλωσης των παγετώνων που επηρέασαν και την Ελλάδα. Οι ψηλότερες περιοχές της καλύφθηκαν από πάγους που έφταναν σε υψόμετρο μέχρι 2.100 μέτρα πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας.
Στο διάστημα αυτό καταβυθίζεται η Αιγηίδα και δημιουργείται το Αιγαίο Πέλαγος. Οι κορυφές της στεριάς που έμειναν έξω από τη θάλασσα είναι τα νησιά των Κυκλάδων.
Τα πράγματα βέβαια εξελίχτηκαν πολύ πιο πολύπλοκα και είναι αδύνατο να περιγραφούν τα φαινόμενα που οδήγησαν στον κατακερματισμό της Αιγηίδας και στη γέννηση των νησιών. Χρειάζεται επιστράτευση της φαντασίας για κάποια ψήγματα κατανόησης και κάποτε η ποίηση.
Σε κάποια φάση αυτής της ιστορίας που ανάγεται στην πλειστόκαινη εποχή ( Καινοζωικός, τεταρτογενής περίοδος) , πριν δύο εκατομμύρια χρόνια, η Ίος, η Νάξος, η Πάρος, η Μύκονος, η Σύρος, η Άνδρος αποτελούν ένα κομμάτι. Η Σίκινος και η Φολέγανδρος άλλο. Κατά την τελευταία περίοδο των παγετώνων η επιφάνεια της θάλασσας κατέβηκε 90-100 μέτρα και ενώθηκαν η Σίκινος με τη Φολέγανδρο, όχι όμως η Σίκινος με την Ίο. Ανάμεσά τους υπάρχει τάφρος βάθους πάνω από 500 μέτρα.
Την ίδια εποχή, από τα δύο εκατομμύρια χρόνια πριν και πέρα λειτουργούν τα ηφαίστεια του λεγόμενου ηφαιστειακού τόξου του Αιγαίου (Λιχάδων, Σουσακίου, Αίγινας, Πόρου, Μεθάνων, Αντιμήλου, Μήλου, Κιμώλου, Θήρας, Δεσποτικού, Στρογγυλού, Αντιπάρου, Χριστιανών , Κω, Νισύρου και άλλα μικρότερα). Με τη δράση των ηφαιστείων αυτών η Σαντορίνη γίνεται ένα στρογγυλό νησί (Στρογγύλη) για να χωριστεί γύρω στο 1600 π. Χ. στη Θήρα και τη Θηρασιά. Στη Μήλο αρχίζει έντονη ηφαιστειακή δράση με μεγάλες εκρήξεις. Ηφαίστεια δρουν επίσης στην Αντίπαρο, το Δεσποτικό και το Στρογγυλό.
Σ’ όλο τον ελληνικό χώρο παρατηρούνται αλλού ανυψώσεις της στεριάς κι αλλού καταβυθίσεις. Σχηματίζονται ύφαλοι και σκόπελοι και δίνουν στο Αιγαίο αυτή τη μοναδική ομορφιά. Οι «πέτρινοι ίπποι, οι γαλήνιοι αμφορείς και οι λοξές δελφινιών ράχες», παρομοιώσεις του Ελύτη για τα νησιά των Κυκλάδων, αλλά και του Αιγαίου γενικότερα, οφείλουν συχνά τη γέννησή τους στις δυνάμεις από τα έγκατα της γης.
Στα τελευταία 1 εκατομμύριο χρόνια ενώ παρατηρείται ανύψωση της Πελοποννήσου και της Κρήτης, το Αιγαίο βυθίζεται και ιδιαίτερα οι Κυκλάδες. Έχουμε όμως και τοπικές μετακινήσεις. Π.χ. η νότια Πάρος έχει διαπιστωθεί ότι βουλιάζει, ενώ η βόρεια ανασηκώνεται, υπερυψώνεται.