Το ηφαίστειο της Σαντορίνης δεν είναι ένα ηφαίστειο, αλλά πολλά που απλώνονται σ’ ολόκληρη την περιοχή της, με πολλούς υποθαλάσσιους κρατήρες. Σήμερα λέμε ηφαίστειο το νησάκι Νέα Καμμένη μ’ ένα κρατήρα στο κέντρο του σχηματισμένο από τις λάβες που ξεχύθηκαν τα πρόσφατα χρόνια.
Πριν 2 εκατομμύρια χρόνια η μεγάλη στεριά με το όνομα Αιγηίδα βούλιαξε κι έξω από την επιφάνεια του νερού έμειναν οι κορυφές των βουνών που αποτέλεσαν τα νησιά των Κυκλάδων. Στην περιοχή της σημερινής Σαντορίνης έμεινε έξω από τη θάλασσα μικρό νησάκι ύψους 570 μέτρων, εκεί που βρίσκεται ο Προφήτης Ηλίας.
Τον καιρό αυτό αρχίζουν ηφαίστεια υποθαλάσσια έντονη δράση και συσσωρεύουν υλικά λάβας γύρω από το νησάκι και σε κάποιο διάστημα σχηματίζεται ένα μεγάλο νησί στρογγυλό με πετρώματα ηφαιστειακά, η Στρογγύλη.
Ένας ψηλός κρατήρας ηφαιστείου ύψους πάνω από 1000 μέτρα βρισκόταν στη μέση.
Γύρω στο 1600 π. Χ. το ηφαίστειο ξαναζωντανεύει και με μια μεγάλη έκρηξη θάβει τη μεγάλη πόλη του Κυκλαδικο-Μινωικού πολιτισμού κάτω από δεκάδες μέτρα σποδού και κίσσηρης. Με αλλεπάλληλες εκρήξεις και σεισμούς το κεντρικό μέρος της Στρογγύλης βουλιάζει , ενώ γίνονται καθιζήσεις στα περιφερειακά σημεία του νησιού. Δημιουργούνται έτσι η σημερινή Θήρα, η Θηρασία και το Ασπρονήσι (το Ασπρονήσι δημιουργήθηκε από νεότερες εκρήξεις) και στο κέντρο μένει η μοναδική περίφημη καλντέρα με μήκος 11 και πλάτος 7,5 χιλιόμετρα. Η μεγαλύτερη κι επιβλητικότερη αυτή καλντέρα του κόσμου έχει μέγιστο βάθος 390 μέτρα κάτω απ’ την επιφάνεια της θάλασσας, ενώ τα τοιχώματα γύρω της, πάνω στα οποία είναι χτισμένα τα Φηρά και η Οία έχουν ύψος 200-300 μέτρα.
Εδώ άραγε είναι ο χώρος που βούλιαξε η Ατλαντίδα;
Αυτό που σήμερα ονομάζουμε ηφαίστειο της Σαντορίνης είναι οι λάβες που χύθηκαν, τινάχθηκαν και υψώθηκαν μέσα απ’ το βυθό της καλντέρας σε διαδοχικές εκρήξεις. Οι λάβες αυτές έχουν σχηματίσει δύο νησάκια την Παλαιά και Νέα Καμμένη. Η Παλαιά Καμμένη σχηματίζεται από τη δράση του ηφαιστείου στη διάρκεια πολλών ετών, από το 196 π. Χ. μέχρι το 1508 μ. Χ. Η Νέα Καμμένη σχηματίζεται από τις εκρήξεις του 1707-1710 μ. Χ. γύρω από λάβες που είχαν πρώτα σχηματίσει τη Μικρή Καμμένη από το 1573 μ. Χ. Το καΐκι από τη θάλασσα των Φηρών μας πάει στη Νέα Καμμένη, όπου βλέπουμε και πατούμε τις λάβες του ηφαιστείου με τα πολλά χρώματα. Οι λάβες αυτές δίνουν πετρώματα με τα ονόματα βασάλτης, δακίτης, ανδεσίτης (πυριγενή ή εκρηξιγενή πετρώματα). Στη Νέα Καμμένη υπάρχουν κρατήρες του ηφαιστείου σκεπασμένοι με θειάφι και χώματα ηφαιστειακής σποδού.
Στα τελευταία χρόνια αναφέρονται οι εκρήξεις των ετών 1866-1870, 1925-1928, 1939-1941 και η τελευταία έκρηξη του 1950, που είναι και η τελευταία σ’ όλο τον ελλαδικό χώρο. Η ηφαιστειακή τέφρα τινάζεται ως 1.000 μέτρα ψηλά και οι βολίδες σε απόσταση 850 μέτρων από τον κρατήρα. Οι λάβες Λιάτσικα (γεωλόγος, μελετητής της Καμμένης) αποτελούν τα νεότερα ελληνικά πετρώματα.