Larson y Pierre (anterior aparición TR1) hace que Lara les “haga el favor” y consiga la piedra filosofal por ellos. Más tarde intentarán matarla. Pero las cosas se complican cuando Larson es lanzado cientos de metros hacia el aire y Pierre cae desde lo alto de un precipicio. La muerte es dudosa, se cree que aparecerán en otra entrega de Tomb Raider.
Lara, con 25 años, va a buscar la Lanza del Destino. Para eso se infiltra en una base rusa en donde conoce al comandante Yarofev y al mafioso Mikhailov, quienes andan también tras el tesoro. Lara es encerrada, pero poco después logra como salir de su prisión en el submarino, logra “tomar prestado” un traje de buzo y busca en las profundidades marina entre los restos del anterior de un naufragio la lanza del Destino. Pero una perturbación provoca que el naufragio empezara a derrumbarse y le rasgue el traje de buceo a Lara. Esta logra escapar pero el submarino en el que estaba empieza a hundirse.
En esta se ve a Lara de pequeña, que escapa mientras vivía con Winston en Escocia. El padre Dunstant va a hablar con Winston, y este le dice que hay algo que en un isla no muy lejos de allí que asusta a la gente. Lara sin más decide escapar para saber qué ocurre.
En el episodio final del juego, Lara se infiltra en el edificio donde está su mentor Werner Von Croy y su preciado objeto, el Iris. Lara quiere arrebatárselo, puesto que ella se lo ganó por las buenas allá en Camboya. Aquí se enfrenta a guardias de seguridad, sistemas de seguridad, puzzles complicados y emocionantes, hombres blindados con Láser y hasta Cyborgs de seguridad bien armados. En la última etapa con más acción dentro del juego, pero el nivel final posee varios errores.